A második világháborút követően a pavilon állapota rohamosan leromlott. Átalakítására az ötvenes években több terv is született, melyek közül 1958-ban Benkhard Ágost építész (1910–1967) tervét valósították meg. Az átépítés során a beomlott magas tetőt lebontották, a mozaikokat és az ablakokat befalazták, a bejárat ornamenseit levakolták, a kis kabinettermekből álló kiállítótereket pedig teljesen átalakították. A modernizálás következtében eredeti karakterét elveszítve, a kor elvárásaihoz igazodó, egyszerű, lapos tetős, üvegfalas és belső udvaros kubussá vált az épület. Eredeti díszeiből csak a boltíves kapuzat kerámiadíszítése maradt meg. Ekkor készült a pavilon mögött álló, négyalakos mozaikoszlop, melyen az oldalhomlokzat négy elfalazott mozaikképe másolata látható.

A pavilon a mai formáját az 1990-es években nyerte el, amikor Sümegi György művészettörténész irányításával az épület egy többlépcsős felújításon esett át. A részleges műemléki rekonstrukció Csete György (1937–2016) építész terve alapján valósult meg. A helyreállítás során feltárták és restaurálták a főhomlokzat befalazott mozaikjait és megmaradt szecessziós díszítményeit, továbbá új tetőszerkezetet emeltek, melyet Zsolnay-cseréppel borított félmagas tető koronáz meg.

2000 óta a Magyar Pavilon a régi fényét idéző szecessziós külsővel, de a kor igényeinek megfelelő belső terekkel ad helyet az évente egymást követő kortárs képzőművészeti és építészeti kiállításoknak.

2015 óta a pavilon működtetője és a magyar biennále-részvétel szervezője a Ludwig Múzeum – Kortárs Művészeti Múzeum.

A pavilon történetéről 2022-ben jelent meg kiadványunk, Boros Géza: A Magyar Pavilon a Velencei Biennálén című könyve.